La basilica di S.Giustina, tra le più vaste basiliche cristiane d’Europa, conserva all’interno il sacello paleocristiano dedicato a S.Prosdocimo (fine del V sec.), l’edificio sacro più antico di Padova giunto fino a noi. Tra le opere d’arte una bellissima pala del Veronese dedicata a S.Giustina, prima martire di Padova, il coro vecchio della seconda metà del XV secolo ed il coro ligneo, opera di Riccardo Taurigny (XVI sec.). Molto belle anche le arche di s. Mattia e di S. Luca Evangelista. Nel corridoio dei Martiri si trova il pozzo dei martiri opera del 1566.
L’abbazia è anche sede di una ricca biblioteca e di un prestigioso centro per il restauro del libro.