Χτισμένο το 1545 ως Σχολή Ιατρικής «Orto dei Semplici», αναδιοργανώθηκε από τον αρχιτέκτονα Ανδρέα Μορόνι.
Είναι ο παλαιότερος πανεπιστημιακός βοτανικός κήπος στην Ευρώπη και φιλοξενεί σημαντικές συλλογές ιστορικών φυτών, συμπεριλαμβανομένων των: Chamaerops humilis L., που ονομάζεται και «παλάμη του Γκαίτε» και φυτεύτηκε το 1585, καθιστώντας το σήμερα το παλαιότερο φυτό∙ Ανατολική Platanus L. 1680 ∙ Ginkgo biloba L. 1750∙ Magnolia grandiflora L. 1786, κ.λπ . Ανάμεσα στα τμήματα υπάρχουν ακόμη: φαρμακευτικά φυτά, δηλητηριώδη φυτά, εντομοφάγα φυτά, τοπικά φυτά των Euganean Hills, υδρόβια φυτά, παχύφυτα, σπάνια φυτά και απειλούμενα φυτά των αμμοθινών, μια συλλογή φυτών με ετικέτες σε γραφή Braille για άτομα με προβλήματα όρασης, κ.λπ.
Ο Κήπος έχει ένα ιδιαίτερο ενδιαφέρον και για τη μοναδική αρχιτεκτονική του δομή. Διατηρεί ακόμη την παλιά βιβλιοθήκη. Από το 1997, ο Κήπος της Πάντοβα έχει συμπεριληφθεί στον κατάλογο της Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO.
Χάριν στο μεγάλο έργο επέκτασης, που ολοκληρώθηκε το Σεπτέμβριο του 2014, ο Βοτανικός Κήπος είναι τώρα το σπίτι του νέου Κήπου της Βιοποικιλότητας: ένα μεγάλο γυάλινο κουτί στο οποίο υπάρχουν 5 διαφορετικά θερμοκήπια που στεγάζουν τα διαφορετικά περιβάλλοντα της Γης, από το τροπικό δάσος, όπου η υγρασία δημιουργεί τις καλύτερες συνθήκες για τη ζωή, μέχρι τις πιο ακραίες απόψεις, όπου το κρύο καθιστά την επιβίωση των φυτικών ειδών σχεδόν αδύνατη.
